九洲藥業研發中心是國家認定企業技術中心，在臺州、杭州分別設有研究所，建有2個研發專用中試車間。研發中心以國際大型制藥公司研發中心為標準，設有100余套標準實驗室，擁有核磁共振、氣質聯用、液質聯用等高端檢測設備，研發內容涵蓋化學藥物和制劑等方向。

中心現有研發人員300 多人。中心建有博士后科研工作站和浙江省重點企業研究院以及浙江省院士工作站，并構建了完善的研發創新體系，研發實力居于國內同類企業領先水平。中心已建立多個高水平的化學合成技術平臺，包括手性合成技術平臺、氟化學技術平臺、糖化學技術平臺等；自主開發的手性催化劑、氟化學試劑、糖化學試劑等均處于國際領先地位。

中心現已申請發明專利200多項，獲得授權發明專利100多項；在產品開發和技術創新方面均取得了突出的成績，并得到了各級有關部門的肯定。在研發中心科研創新成果的基礎上，九洲藥業先后被認定為浙江省“三名”企業、浙江省專利示范企業、浙江省重點企業技術創新團隊、浙江省創新型示范企業、浙江省產學研合作示范企業等，并獲國家技術進步二等獎一項、省部級科技進步一等獎三項等榮譽。